_beginthread で作成したハンドルは自動破棄されるので、CloseHandleしてはいけない。

_beginthreadex で作成したハンドルは、自分でCloseHandleしなくてはならない。

以下、MSDNからの抜粋。
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_beginthread よりも _beginthreadex を使用した方が安全です。_beginthread によって生成されたスレッドの終了が早すぎると、_beginthread の呼び出し元に返されるハンドルが無効になる可能性や、別のスレッドを指す可能性があります。しかし、_beginthreadex から返されるハンドルは _beginthreadex の呼び出し元で閉じられる必要があるため、_beginthreadex がエラーを返さなかった場合にはハンドルが有効であることが保証されます。
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もうちょっと具体的に書いてほしいな、まあサンプルコードまで読めば気がつくんだけど。